Muzeum Regionalne mieści się w stuletnim, zabytkowym gmachu dawnego magistratu, położonym we wschodniej części Międzychodu, przy skrzyżowaniu głównej ulicy miasta - 17 Stycznia z ul. Pocztową. Budynek ten był czwartą z kolei siedzibą władz miejskich - trzy poprzednie międzychodzkie ratusze niszczone przez pożary w latach 1635, 1712 i 1763 stały na Rynku. Zanim dzisiejsze muzeum zaczęło pełnić rolę magistratu, w latach 1859-1904 znajdowały się w nim pomieszczenia międzychodzkiej szkoły katolickiej, zaś jeszcze wcześniej stała w tym miejscu kamienica, której właścicielami byli m.in. w 1803 r. sukiennik Johann David Hein, a w 1837 r. rzeźnik Johann Gottfried Fechner. Ostatnim prywatnym właścicielem domu w latach 50-tych XIXw. był mistrz piekarski Friedrich Wilhelm Hesse, który sprzedał kamienicę szkole. Nie są znane żadne wizerunki budynku z tych odległych czasów. Prezentowane poniżej jedno z najstarszych zachowanych zdjęć pochodzi z pierwszej dekady XX w., a więc z czasów, kiedy obiekt pełnił już funkcję siedziby władz miasta. Na fotografii widoczny jest dwukondygnacyjny gmach o zwartej bryle i siedmioosiowej elewacji frontowej. Zdobi go neoklasycystyczna dekoracja sztukatorska w postaci prostego gzymsu międzykondygnacyjnego, fryzu podokapowego i podokienników podkreślających poziome podziały elewacji, a także pilastrów ujmujących wejście, które dodają nieco strzelistości temu przysadzistemu skądinąd budynkowi poprzez zaakcentowanie pionowych podziałów elewacji. Temu samemu celowi służyło także ujęcie naroży budynku lizenami. Nad wejściem głównym dostrzec można tablicę z herbem miasta, a nad nią pochyło umocowany, pokaźnych rozmiarów maszt flagowy.

 
Wygląd budynku ok. 1910 r.

Wygląd budynku uległ poważnym zmianom podczas przebudowy w 1929 r., wykonanej przez międzychodzkie firmy budowlane: m.in. budowniczego Herberta Zeinerta i mistrza malarskiego Józefa Szczepaniaka; według projektu opracowanego przez miejskiego architekta Józefa Jarysza. Dobudowano wówczas od ul. Pocztowej skrzydło zachodnie, przez co rzut budynku otrzymał układ litery "L". Wtedy także międzychodzki magistrat uzyskał charakterystyczną dla budynków ratuszowych, górującą nad całą budowlą wieżyczkę zegarową przykrytą namiotowym hełmem z blachy miedzianej, zaś obydwa wejścia do budynku ujęte zostały w portyki, w których dotychczasowe pilastry zastąpiono dwiema parami kolumn toskańskich. Większy z portyków, od strony ul. 17 Stycznia zwieńczony jest stopniowanym frontonem, dodatkowo ozdobionym płaskorzeźbionym kartuszem z herbem Międzychodu. Dotychczasowy dwuspadowy dach z naczółkami zamieniono na czterospadowy; dodatkowo w połaciach dachu umieszczono wystawki, tzw. powieki dachowe doświetlające pomieszczenia poddasza. Obecny wygląd budynku muzealnego (na zdjęciach poniżej) nie odbiega w zasadzie od stanu po przebudowie z końca lat 20. XX w.; podczas remontu kapitalnego w latach 1975-76 nieznacznie jedynie zmieniono układ wnętrz, aby przystosować pomieszczenia dla potrzeb nowego gospodarza - Muzeum Regionalnego, które otwarto uroczyście dnia 8 XI 1976 r. W 27 roku istnienia placówki, 14 III 2003 r. nasza siedziba została wpisana do rejestru zabytków. W marcu 2007 r. zakończył się remont elewacji budynku Muzeum, w trakcie którego zmieniono kolorystykę tynków. Prace objęły również wymianę stolarki okiennej.

 
Wygląd budynku z pocz. lat 90. XX w.   Wygląd budynku w 2007 r.